назад ко второму семестру

Доменная структура белка CUER_ECOLI

Описание доменной структуры белка CUER_ECOLI по данным Pfam

Ниже приведено изображение полной доменной структуры по данным Pfam (слева) и положение доменов в 3D-структуре (справа) (зеленым обозначен N-концевой домен):


* Примечание. pdb моего белка в БД не оказалось, поэтому я использовала pdb ортолога 1jbg.

Идентификатор Pfam
Название записи
Полное название домена
Положение в последовательности CUER_ECOLI*
PF00376
MerR
MerR family regulatory protein (регуляторный белок семейства MerR)
4-41

** Примечание. Второй домен (Coiled Coil) не относится к ресурсу PfamA, и доступ к информации о нем закрыт.

Подробное описание домена PF00376

Описание семейства доменов, к которому относится N-концевой домен белка CUER_ECOLI

MerR - это семейство белков, выполняющих функцию активации транскрипции. Их последовательности содержат обособленный паттерн, включающий остатки цистеина в связывающей ион/атом металла петле, Cys-X7-Cys. Это семейство также выделяется отсутствием консервативного остатка цистеина на N-конце спирали димеризации, что необходимо для связывания двухвалентных металлов, например, цинка (в случае CUER_ECOLI - меди). В белках данного семейства этот остаток цистеина заменен на остаток серина.

Данный домен встречается в 1454 белках. Они распеределены по таксонам следующим образом.

Таксон
Количество белков с доменом PF00376
Эукариоты Растения 0
Грибы 0
Животные 0
Бактерии   1410
Археи   32

Данный домен не встречается в белках, присущих эукариотам.
Помимо данных, приведенных в предыдущей таблице - данные о нахождении данного домена в белках плазмид и вирусов:

Таксон Количество белков с доменом PF00376
Плазмиды 5
Вирусы 7

Были рассмотрены изображения основных типов доменной архитектуры. Основные особенности: